Als uw bedrijf op enige afstand van een Natura 2000-gebied ligt, is alleen de stikstofdepositie van belang voor de vergunningplicht. Er is sprake van een ‘mogelijk significant effect’ als de depositie op een stikstofgevoelig en overbelast habitat hoger is dan 0,00 mol N/ha/jaar. Dat is bij veehouderijen bijna altijd het geval. Toch is niet altijd een natuurvergunning nodig. Als het bedrijf na de aanwijzing van de Natura 2000-gebieden niet significant is veranderd, dan is een vergunning niet nodig. Deze aanwijsdata variëren van 10 juni 1994 tot 7 december 2004. Er zullen weinig veehouderijen zijn waar een kwart eeuw geen uitbreiding van stal of dieraantallen is geweest. Daarom zullen de meeste veehouderijen een natuurvergunning moeten hebben.
Als u niet beschikt over een natuurvergunning dan geldt de milieutoestemming die u had op de aanwijsdatum als referentie voor de beoordeling van stikstofdepositie. Voorwaarde is wel dat de ammoniakemissie nadien niet gedeeltelijk is ingetrokken of verminderd.